一、个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得税全员全额扣缴申报，是指扣缴义务人向个人支付应税所得时，不论其是否属于本单位人员、支付的应税所得是否达到纳税标准，扣缴义务人应当在代扣税款的次月内，向主管税务机关报送其支付应税所得个人的基本信息、支付所得项目和数额、扣缴税款数额以及其他相关涉税信息。
二、个人所得税扣缴税款为“零”，也需要办理纳税申报，扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。扣缴义务人每月所扣的税款，自行申报纳税人每月应纳的税款，都应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
三、2018年8月1日起，个人所得税扣缴客户端系统升级，升级后，以前的个人所得税扣缴客户端的名称由“金税三期个人所得税扣缴系统”更改为“自然人税收管理系统扣缴客户端”，以前个人所得税扣缴申报客户端要求同时报送自然人登记信息和扣缴报告表，而新的个人所得税扣缴申报客户端要求先行报送自然人登记信息，再报送扣缴报告表。
新的个人所得税申报系统增加自然人身份信息验证功能。通过与公安机关的居民身份登记信息进行比对验证，提示扣缴单位对验证不通过的自然人身份信息进行核实修正。
四、扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款；
扣缴义务人采取前款所列手段(偷税)，不缴或者少缴已扣、已收税款，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任；纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
